El templo se levanta sustituyendo a otro anterior de primeros del siglo XVI, que es cuando se erige la parroquia. Su cantería se termina en 1584 y es atribuida al mismo arquitecto que realizó la torre del Papabellotas del recinto amurallado del Castillo. En su exterior nos encontramos con tres portadas de estilo manierista.
El interior nos presenta un salón de planta basilical con columnas de orden toscano, con arcos de medio punto. La Primera misa se celebró en 1590, según monolito emplazado en la esquina exterior de la iglesia. El Artesonado está fechado en 1595 según se observa en el escudo del obispo de Málaga García Haro de Sotomayor situado sobre el coro.
En ella nos encontramos con un Retablo manierista realizado en 1649 por el maestro Toribio Sánchez Calvo.
El cuerpo superior lo compone un cuadro de la crucifixión. Hasta 1668 ese fue el emplazamiento del Cristo de la Salud, que fue bajado de ese emplazamiento para las históricas rogativas por las que pasó a denominarse “y de las Aguas”.
En el segundo cuerpo hay tres lienzos: el central de la Sagrada Familia es atribuido a Antonio Mohedano. Lo acompañan las pinturas del Bautismo de Jesús y Nacimiento de San Juan.
En el cuerpo inferior, y en la hornacina central tenemos la imagen titular del templo de San Juan Bautista, obra policromada en 1539 por Pedro Pérez. A las laterales copias pictóricas de Rubens de la Crucifixión y Descendimiento, anteriormente en ese emplazamiento estaban en dos hornacinas las imágenes de San Agustín y San Cristóbal.
El Obispo Díez de Salazar, confesor de los Reyes Católicos, retirado a vivir en su casa de la plaza del Henchidero falleció en 1540 y posteriormente se emplazó su enterramiento en esta Capilla Mayor. Su escudo de armas está en un lateral del presbiterio.
Arruinada la ermita que existió en el cercano cerro de la Rábita, pasaron a este retablo las imágenes de la Virgen de la Cabeza titular que era de su cofradía filial de la matriz del cerro del Cabezo, de Santa Ana con la Virgen Niña y de San Roque.
En los laterales podemos observar los dos lienzos de mayor tamaño de Antequera, obras de Mohedano: La adoración de los Pastores y La Inmaculada rodeada de Santos.
Perteneciente a la extinta cofradía penitencial fundada el 25 de abril de 1694. En su inventario de 1724 se recoge la denominación de Hermandad del Dulce Nombre de Jesús y María Santísima de la Vía Sacra. Las imágenes titulares del Nazareno y la Dolorosa son obra de Francisco Medina del año 1742.
Real Hermandad del Santísimo Cristo de la Salud y de las Aguas y Ánimas de San Juan
Patrón de Antequera
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